1.系统压力降低或无压力
在离子色谱仪的使用过程中，如果系统发生泄漏了，就会造成系统压力的降低。发生这种情况需要仔细检查离子色谱仪各个接头是否已拧紧，如有松动，请立即拧紧。此外，当系统流路中有大量气泡存在，进入泵内形成空穴，启动泵后系统压力无显示，亦无溶液流出，此时要做的就是先将泵停止运行，并拧松蠕动泵的螺丝，使用注射器抽出气泡即可，然后再次启动泵。
2.系统压力升高
一般来说，在离子色谱仪使用之前，需要将高压极限压力设定好，一般高压设定为12MPa左右。为了防止离子色谱仪由于高压出现问题，系统在升至高压极限时会自动关闭，当压力超过正常压力的30%时，则可以认定压力不正常。压力的升高与以下因素有关：
①当样品没有过滤时，长期的进样就会有微小的颗粒物进入色谱柱，导致系统压力升高；
②某段管子堵塞造成系统压力突然升高。逐段检查，更换；
③当流速超过正常压力0.7mL/min时，压力也会升高。